Nadleśnictwo Nawojowa położone jest na terenie Beskidu Sądeckiego i Niskiego w zlewni rzek Białej i Kamienicy. Leży w terenie górskim na wysokości od 400 do 1100 m n.p.m. Aż 98,5 % powierzchni zajmują siedliska górskie, pozostałe 1,5 % zaliczają się do wyżynnych. Powierzchnia ogólna 12 379,16 ha lasów państwowych oraz nadzoruje około 7 760 ha lasów innej własności.  Swym zasięgiem obejmuje miasta i gminy: Nowy Sącz (115), Krynicę (Berest, Czyrna, Piorunka, Polany), Grybów (Miasto, Biała Niżna, Binczarowa, Chodorowa, Cieniawa, Florynka, Kąclowa, Krużlowa Niżna, Krużlowa Wyżna, Ptaszkowa, Siołkowa, Stara Wieś, Wawrzka - część obrębu bez działki 208/309), Nawojową (cała), Łabową (cała) i Kamionkę Wielką (cała). Lesistość tych terenów waha się od 40 do 70%, średnio 55% i przekracza dwukrotnie średnią krajową.

Nadleśnictwo Nawojowa położone jest na terenie Beskidu Sądeckiego i Niskiego w zlewni rzek Białej i Kamienicy

Siedliskiem (Typem Siedliskowym Lasu) mającym zdecydowanie największe znaczenie jest siedlisko lasu górskiego świeżego, którego powierzchnia zajmuje blisko 81,7% wszystkich gruntów leśnych. Kolejnym pod względem wielkości jest las mieszany górski stanowiący bez mała 16,3%. Pozostałe siedliska górskie (LGw, LłG oraz OlJG) mają niewielkie, bądź znikome znaczenie w udziale powierzchniowym Nadleśnictwa. Wśród typów siedliskowych wyżynnych wartym odnotowania jest jedynie Lwyżśw, który opisano na około 170 ha, co stanowi nieco ponad 1,4% łącznej powierzchni leśnej. Udział innych siedlisk wyżynnych (Lwyżw oraz Lłwyż) występujących na gruntach Nadleśnictwa jest śladowy. W składzie gatunkowym dominują drzewostany bukowo- jodłowe z domieszką świerka, jaworu, wiązu, sosny, brzozy, modrzewia. Drzewostany bukowo-jodłowe  są pochodzenia naturalnego, natomiast sosnowe pochodzą ze sztucznych zalesień.

Na przełomie lat pięćdziesiątych i sześćdziesiątych zostało zalesione, głównie sosną ok. 4000 ha nieużytków i gruntów porolnych należących do Skarbu Państwa i prywatnych właścicieli. Obecnie sośniny te są już przebudowane gatunkami docelowymi tj. typowymi dla siedliska lasu górskiego-głównie jodłą, a w mniejszej części bukiem, jaworem i jesionem. 

Całość lasów Nadleśnictwa jest lasami ochronnymi-przede wszystkim glebo i wodochronnymi. Ponadto część lasów Nadleśnictwa wchodzi w skład Popradzkiego Parku Krajogbrazowego, a większość lasów leży w zasięgu Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 w ostoi siedliskowej i ptasiej.

Istnieją tu 3 rezerwaty przyrody: "Uhryń", "Barnowiec" i "Łabowiec". Stanowią one typowe dla tego regionu, zachowane w bardzo dobrym stanie fragmenty lasów bukowo-jodłowych regla dolnego.