Sposób zagospodarowania lasów Nadleśnictwa Nawojowa ma charakter tzw. "półnaturalnej hodowli lasu" t.j. opiera się głównie na wykorzystaniu i wspieraniu sił natury w zakresie wykorzystania odnowień naturalnych, a następnie prowadzenia kolejnych faz rozwojowych lasu.
 

Na terenie nadleśnictwa znajduje się 105,71 ha wyłączonych drzewostanów nasiennych. Wybrano i uznano 28 drzew matecznych, w tym 17 jodły pospolitej, 9 drzew matecznych buka zwyczajnego oraz 2 czereśnie ptasie.

Ewenementem na skalę krajową jest przyjęcie i stosowanie na powierzchni 638 ha drzewostanów jodłowych rębni przerębowej (ciągłej), która najlepiej służy realizacji wszystkich funkcji lasów, a szczególnie lasów górskich. Względem poprzedniego Planu Urządzenia Lasu jest to wzrost o 121 ha.

Gospodarstwo szkółkarskie produkuje kilkaset tysięcy sztuk sadzonek (głównie jodły) na potrzeby własne oraz dla innych jednostek,  a także na eksport i dla drobnych odbiorców. Na szkółce produkowane są sadzonki zarówno z odkrytym jak i zakrytym systemem korzeniowym, co pozwala prowadzić nasadzenia również w okresie wegetacyjnym.